由于經顱磁刺激（rTMS） 在治療不同疾病時的機制有所差異，不同的患者對rTMS 治療的反應也存在異質性，所以TMS 的治療不同疾病的療程設置也各不相同。以抑郁癥為例，一般認為，患者在接受TMS 治療1-4 周為急性期，5-12 周為鞏固期，13-22周為維持期。
2016 年，美國臨床經顱磁刺激學會(Clinical TMS Society)發布了TMS 治療重性抑郁的共識建議：
建議1：推薦TMS 作為緩解抑郁癥狀的急性治療手段。
建議2：若TMS 急性治療有效，則可將TMS 作為疾病反復時的維持治療手段。
建議3：TMS 既可單用，也可聯用抗抑郁藥或其他精神科藥物。
建議4：若TMS 急性治療應答良好，則可將TMS 作為維持治療手段。
建議5：初次TMS 治療應答良好的患者若出現抑郁復發，可考慮重新使用TMS 治療。
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